本文对实务中比较有争议的税务问题进行了简单的梳理，希望能够对大家的业务处理中和当地的税务机关进行探讨。
一：有限公司阶段
1：股权代持的恢复
所谓的股权代持是指实际出资人与工商登记或者公司章程上约定的股东不一致，以他人名义代实际出资人履行股东权利义务的一种股权或股份处置方式。实务中，股权代持的情况很常见。一般来说公司在准备挂牌或者股改前一般会进行代持股权的恢复，也就是将代持股人持有的股权转让给实际出资人（实际股东）,根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》（法释〔2011〕3号）的规定，实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实务中根据上述最高法的解释，在“股权代持”的法律关系中，实际股东为投资收益的实际享有者，股权登记由名义股东变更为实际股东并未改变经济实质。
但是从税法的角度，上述的股权变更往往会被税务机关认为是股权转让。而被要求按照需要恢复的股权的公允价值去确定股权转让所得。同时税务机关也会认为这种股权恢复是属于《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2014年第67号）中的第三条中的“（七）其他股权转移行为”予以征税。至于纳税人是否可以主张根据本公告的第十三条（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形，将其股权恢复视为低价转让的理由，在实务中争议还是很大的。
根据该公告的“低价转让”原则，建议实际股东谨慎的选择股权代持人，如该公告中所述，将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，如果申报的股权转让价格偏低，则被视为有正当理由而免于核定征收。因此，实际股东若因各种原因需要代持，应尽量在上述范围内选择代持对象，以减少未来解除代持协议所可能产生的税务负担。
同时实务中也建议实际股东应尽量将股权代持的过程文件做齐全，（如出资的支付凭证、参与公司股东会的决议、参与公司利润分配的凭证等），并加强与税务机关的交流和沟通，必要时获取法院关于实际股东身份的确权判决等，以争取有利的税务处理并最大限度的维护自身的合法涉税权益。
2：资本公积转增资本：
关于“资本公积转增资本（股本）”的法规政策包括：
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发〔1997〕198号)第一条的规定：股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。
《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》(国税函〔1998〕289号)第二条的解释及补充规定：国税发〔1997〕198号文件中所称的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，则应当依法征收个人所得税。
财政部 国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知（财税〔2015〕116号）和国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告（国家税务总局公告2015年第80号），规定：非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业 以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本，并符合财税〔2015〕116号文件有关规定的，纳税人可分期缴纳个人所得税,本规定中对“资本公积”并未进行特别的定义，比如是否包括资本溢价形成额资本公积。
综上所有规定，并未对有限公司的资本溢价形成的资本公积是否属于免税或者征税的范围进行明确规定。很多地方税务机关在实际执行时是否会将有限公司的资本溢价形成的资本公积参照上述文件中股份有限公司-股票溢价发行形成的资本公积来对待，这是一个值得商榷的问题。
二：股改时的税务争议
根据（财税〔2015〕116号）和（国家税务总局公告2015年第80号）规定，对于有限公司整体改制为股份有限公司时，以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本时，其中未转入股本的部分，计入了资本公积。对于这部分的资本公积是否需要纳税？也未见有文件单独说明，实务中部分的地方税务机关是从严根据116号以及80号文件，以有限公司股改审计时，未分配利润、盈余公积、资本公积的合计金额为计税基础计算个人所得税。至于是否给予缓缴期间另当别论。但是也有部分执行例外，比如：摩多科技（838462）2015 年 7 月 26 日，以 2015 年 5 月 31 日为审计基准日，净资产为人民币 37,642,235.74 元。以 2015 年 5 月 31 日为评估基准日，摩多有限净资产评估值为人民币 5,412.73 万元。摩多有限以经审计的截至 2015 年 5 月 31 日的净资产37,642,235.74 元为基数，以 1:0.1328 的折股比例折为股本 500 万股，折股溢价32,642,235.74 元计入资本公积。股份制改制时，公司注册资本未发生变动，自然人股东暂未发生纳税义务，无须缴纳个人所得税。
另外，如果从公司法的角度理解，股改时形成的这部分资本公积是否属于股东以基准日有限公司的净资产出资设立股份公司形成的“股本溢价”，再以后将其转增股本时，是否可以依据上述的文件免税，也并未有明确的说明。
三：挂牌后的税务争议
1：通过“有限合伙持股平台”，自然人间接股东取得的分红是否可以享受“股息、红利”差别化优惠政策
根据财政部国家税务总局 证监会关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知（财税[2015]101号），以及财政部、国家税务总局、中国证券监督管理委员会关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知（财税[2014]48号）规定，个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。那么对于通过“有限合伙持股平台”间接持有股份的自然人股东是否可以按照上述文件享受股息、红利差别化，实务中也各有争议。这主要是因为根据国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函[2001]84号），个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。这也是合伙企业税收穿透原则的一个体现。是否可以依据“税收穿透原则”去理解间接持股的自然人股东可以享受股息、红利差别化政策，值得探讨。
2：有限合伙持股平台的股权转让所得纳税争议-有限合伙持股平台进行股权转让时，间接持股的自然人股东（包括普通合伙人和有限合伙人）如何进行纳税？
虽然从合伙企业享受税收穿透（或“先分后税”）原则，但这并不改变其独立纳税的地位。根据《财政部国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号，以下简称“财税[2000]91号文”）第四条、第五条的规定：个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照《个人所得税法》的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时国税函[2001]84号文只是对合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利规定了例外处理，。对于合伙企业的其他经营性所得，包括股权转让收益所得，是否应该正常按照“个体工商户的生产经营所得”的应税项目计缴个人所得税，值得探讨。
比如上海市金融办、上海工商局、国税局、地税局关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知（沪金融办通[2008]3号）就规定，以有限合伙企业形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业中自然人的税收以有限合伙形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业的经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。其中，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“利息、股息、红利所得”应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。
比如根据《天津市促进股权投资基金业发展办法》（津政发[2009]45号）第六条规定，由合伙人分别缴纳个人所得税或企业所得税；第七条规定：自然人有限合伙人，依据国家有关规定，按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得的所得能划分清楚时，对其中的投资收益或股权转让收益部分，其税率适用20%。
以上是本人根据实际工作中遇到的税务争议问题进行了总结，从法规和文件政策分析来看，各个地方政府或者税务机关对于政策还是存在一定的争议。希望各中介机构在实际执业过程中及时和地方税务机关进行沟通，掌握政策的执行尺度。
作者：中汇会计师事务所（特殊普通合伙）苏州分所 合伙人 薛伟
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