某房地产企业2016年接受税务机关风险应对，应对过程中，税务机关对该房地产企业2015年度竣工交付的一个项目企业所得税审核过程中发现，该项目配建幼儿园一所，而幼儿园由于政府未接收，企业为兑现对业主承诺，引入第三方进行运营，相关成本不得扣除。企业对此无异议，但对于土地成本分摊方法与税务机关产生分歧。税务机关认为，依据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》国税发〔2009〕31号文，房地产企业开发房地产时，土地成本分摊一般按占地面积法进行分配。企业认为按照占地面积法进行计算调整有失公允，希望能按照建筑面积法进行分摊。
该房地产开发公司项目基本情况：项目占地面积200000平方米，其取得土地使用权所支付的出让金为170000万元。项目总建筑面积500000平方米，其中配建幼儿园一所，幼儿园占地面积2000平方米，建筑面积2000平方米；
1、按占地面积分摊土地出让金
按转让土地使用权的面积分摊，幼儿园应分摊的土地出让金的计算方法如下：
幼儿园应分摊的土地出让金＝幼儿园占地面积2000平方米×（项目支付土地出让金总额170000万元÷项目总占地面积200000平方米）=1700万元
2、按建筑面积分摊土地出让金
幼儿园应分摊的土地出让金＝幼儿园建筑面积2000平方米×（出让金总额170000万元÷总建筑面积500000平方米）=680万元
两种方法结转土地成本相差1020万元，影响企业所得税应纳税额255万元。
依据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》国税发〔2009〕31号文，房地产企业开发房地产时，土地成本分摊一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。即税法规定，土地成本的分摊可按占地面积法，也可按其他合理方法。但未明确如何操作，目前税务机关要求企业一律采用占地面积法，与税法相悖。
由于一个房地产企业开发项目中可能存在各种类型地产，如住宅、商业，也有幼儿园、学校、社区会所等配套设施，一般住宅及商业的容积率都会比较高，而幼儿园、学校、会所容积率较低，如果按占地面积法分摊土地成本，则住宅、商业等容积率高的物业分摊成本偏低，而幼儿园、学校、会所等公共配套容积率低的物业分摊成本偏高，与该物业的实际价值明显不符。
在实际操作过程中，一些公共配套设施存在移交困难的现象，如幼儿园，政府不愿接手，且难以转让。而小区建成后，开发商承诺业主配建幼儿园并需正常开学，因此一些开发商只能自己运作办学。这样一来，税务机关会认为开发商未进行移交，不符合公共配套扣除条件，不得扣除相应成本。开发商不仅要承担办学投入的成本，且由于成本不得扣除，增加所得税成本。
因此建议对31号文中土地成本分摊具体操作方法进行明确，允许企业采用其他合理方法分摊土地成本。
作者：中汇江苏税务合伙人 戴旭峰
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